Produire sans polluer coûte plus cher. Rendement plus faible des surfaces, main d'oeuvre plus importante, matériels agricoles différents et coût de certification à la charge du producteur, contribuent à augmenter le coût de production en agriculture biologique.
Ce dernier point n'est pas anodin. L'usage du label bio est conditionné par une certification réalisée chaque année par des organismes indépendants dont les frais, qui peuvent atteindre 1000 euros par exploitation, sont à la charge de l'agriculteur.

Produire bio est une chose, mais vendre une production bio en est une autre. Et cette différence conduit de plus en plus de producteurs à sortir du label, tout en continuant à travailler de la même façon, c'est-à-dire, en respectant leur terre.
On est en droit de s'interroger sur la façon dont cette filière est organisée. Contraindre la production bio à des contrôles est une nécessité puisqu'un cahier des charges drastiques est en vigueur, et cela même si l'on n'estime qu'à 1% le nombre de fraudeur dans cette filière. Mais est-il acceptable, d'un point de vue « éthique », que le label « Agriculture Biologique » soit payé par ceux qui ont décidé de produire propre ? C'est la question que se posent nombre d'entre eux, et notamment tous ceux qui ont renoncé à se reconvertir ou qui ont abandonné le label.

Des producteurs qui pour autant ne polluent pas l'environnement. Nombreux sont ceux qui produisent bio mais ne vendent pas sous label AB. Ceux-ci refusent en fait de devoir payer pour prouver qu'ils préservent par leur mode d'agriculture la nature et la santé publique. Une réalité déconcertante qui montre combien l'agriculture biologique dépasse les considérations économiques, et relève aussi d'une démarche citoyenne.
Mais l'impact sur le marché du bio est négatif, car il ne peut se développer qu'à condition que l'offre augmente, permettant de réduire les coûts et de proposer à un plus large public des produits qui ne devraient pas n'être accessibles qu'à ceux qui en ont les moyens.
Alors que les aides publiques permettent à une exploitation en phase de reconversion de franchir les cinq années indispensables aux sols pour éliminer les intrants qu'ils peuvent encore contenir, aucune aide à l'agriculture bio ne vient compenser les charges inhérentes à ce mode de production.

L'Etat ayant précisé qu'il ne s'engagerait pas dans cette voie avant 2007, des collectivités locales ont décidé d'engager des moyens afin de prendre en charge de 80 à 100% du coût hors taxes de la certification annuelle, de façon à encourager cette agriculture. Mais rémunérer les organismes de certification par de l'argent public revient à faire porter le poids des contrôles par les consommateurs. Ne serait-il pas finalement judicieux de considérer que les modes de production non respectueux de l'environnement devraient s'en acquitter ? Les « pollueurs » paieraient ainsi pour la certification des non pollueurs. Une situation nouvelle qui relancerait vraisemblablement la filière bio, au profit des consommateurs.
Une option qui ne peut hélas s'inscrire dans une politique agricole héritée d'après-guerre et qui continue à favoriser un modèle intensif, quelqu'en soit le prix environnemental. Ce sont en réalité les consommateurs qui détiennent le pouvoir de faire avancer la question en modifiant leurs habitudes et en réservant une part plus conséquente de leur budget familial à une alimentation plus saine et plus en harmonie avec la nature. L'industrie agroalimentaire et les producteurs seront bien obliger de s'adapter, et les politiques avec eux.